camiさん、
いやあ、これは大変参考になります。どうも有難うございます。

実は、Piggydbが他の情報管理ツールと一線を画する部分があるとすれば、それは「情報の重み付け」にあると思っているのですね。最初はバラバラでフラットだった情報の集まりが、利用者の学習や価値観によって重み付けされ、ある種の知識の輪郭が姿を現すと。その終着点がタグフラグメントになると思っているわけですが。

その原則から考えると、全ての情報がフラットで、全ての情報が相互に関係しているような状況が（「みにくいあひるの子定理」）、全く重み付けされていない初期状態だと考えられるので、camiさんの例のように「とりあえずは双方向繋がりで繋げておいて、あとから片方向にするパターンになりやすい」となるのは、とても理に適っているなと思いました。

Piggydbの場合、元々、片方向のつながりを前提としていたために、双方向をオプショナルに扱っているということもあるのですが、つながりを作る操作上の問題もあるなと思いました。例えば、現状、つながりを作る方法は２パターンありますが、ドラッグ＆ドロップの場合でも、「つながりのあるフラグメントをつくる」フォームを使う場合でも、起点となるフラグメントを指定することになるので、片方向がデフォルトになるのは自然なのかなとも思えるのです。

つまり、camiさんの「情報収集の初期段階では、フラグメント同士の関係がはっきりしていません」のようなケースでは、つながりを作るのに、別のもっと適切な操作法が必要なのかもしれません。例えば、なんとなく関係しているなというフラグメントの集合を選択して、一括で双方向つながりを作成するとか。この場合、つながりを作る過程で主従を意識する必要がないので、より自然な操作になるのかなと思ったのですが、いかがでしょうか？