情報収集の初期段階での、双方向つながり作成について

camiさん、
いやあ、これは大変参考になります。どうも有難うございます。
実は、Piggydbが他の情報管理ツールと一線を画する部分があるとすれば、それは「情報の重み付け」にあると思っているのですね。最初はバラバラでフラットだった情報の集まりが、利用者の学習や価値観によって重み付けされ、ある種の知識の輪郭が姿を現すと。その終着点がタグフラグメントになると思っているわけですが。
その原則から考えると、全ての情報がフラットで、全ての情報が相互に関係しているような状況が（「みにくいあひるの子定理」）、全く重み付けされていない初期状態だと考えられるので、camiさんの例のように「とりあえずは双方向繋がりで繋げておいて、あとから片方向にするパターンになりやすい」となるのは、とても理に適っているなと思いました。
Piggydbの場合、元々、片方向のつながりを前提としていたために、双方向をオプショナルに扱っているということもあるのですが、つながりを作る操作上の問題もあるなと思いました。例えば、現状、つながりを作る方法は２パターンありますが、ドラッグ＆ドロップの場合でも、「つながりのあるフラグメントをつくる」フォームを使う場合でも、起点となるフラグメントを指定することになるので、片方向がデフォルトになるのは自然なのかなとも思えるのです。
つまり、camiさんの「情報収集の初期段階では、フラグメント同士の関係がはっきりしていません」のようなケースでは、つながりを作るのに、別のもっと適切な操作法が必要なのかもしれません。例えば、なんとなく関係しているなというフラグメントの集合を選択して、一括で双方向つながりを作成するとか。この場合、つながりを作る過程で主従を意識する必要がないので、より自然な操作になるのかなと思ったのですが、いかがでしょうか？

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camiです。
みにくいあひるの子定理、まさにこれですね。
自由度を増す意味でも「一括して双方向つながりを作成」に賛成です。

しかし、繋がりが便利になると、
この二つを見分ける手段が欲しくなりますね。
タグフラグメントを使えば、強い繋がりを表現できます。
ですが、タグフラグメントは「連想」というより「内包」というイメージが強いです。
また、タグフラグメントは時系列を表すのも難しいです。
そういった「連続性」を表すなら、やはり繋がりを使いたくなります。
方向別に、繋がりに対してパラメータを設定できれば便利かもしれません。
…が、それだとPiggydbのコンセプトを壊してしまわないか不安になります。
前に言った「漠然としたアイディア」というのはこの部分です。
Piggydbの長所を崩さず、片方向繋がりを主軸に置きつつも、繋がりに幅を持たせる方法はないか模索していたわけです。

強い関係と弱い関係 → ...

camiさんの想定されているものとは少し異なるかもしれませんが、強い関係（つながり）と弱い関係（タギング）という二層化されたグルーピングを提供するのがタグフラグメントなんですね。
たとえば、あるタグフラグメントを起点として考えた場合、まずそのフラグメントに「もしかしたら関係あるかも？程度の繋がり」のあるフラグメントをタギングで関連付けておきます（タグフラグメントをタグとして貼り付ける）。これが情報収集の段階です。これはゆるい関係なので、いわゆるつながりのようにきちんとした構造（例えば順序）を持たせるわけではなく、単にグルーピングされている状態です。その後、当該タグフラグメントにとって重要だと思えるフラグメントをタギングからつながりに移行させて構造を作っていきます（この移行作業を簡単にできるようにしていく予定です）。これが、Piggydbで提案しようとしている知識構築（情報の重み付け）の核心部分です。タグフラグメントのページを見ると、上部につながり、下部にタギングと、二層のグループがあることが分かるかと思います。
つまり、ゆるい関係はタグによるグルーピングで表現した方が良いかも、ということなのですが。なんとなく関係しているなというフラグメントの集合を選択して、一括でタグ付けする機能は既にありますので。
camiさんの想定とはちょっと違うかなという気もしないではないですが、、、あるいは、ちょっとした具体例があると、もう少し検討しやすくなるかもしれません。