ご丁寧な返答、どうもありがとうございます。
 おそらくは、tomcat6が正常に動作しないことの辺りに問題があるのではと思います。そもそもJavaの設定がWindows Updateの時か何かの時に書き換えられたか何かで少しおかしくなっているんじゃないでしょうか。tomcat6をスタートアップから外してもダメでした。tomcat6をアンインストールして再インストールしようとしても、アンインストールプログラムが正常に作動せず(tomcat6が動作中によるエラー? みたいな感じです)不可能です。
 元々、Javaとかプログラムとか苦手なので、この辺りの問題の解決にこれ以上の時間を割くのは諦めて、素直に縦割りのまま、スタンドアローンのPiggydbを使わせて頂きたいと思います。
 本当にご親切にどうもありがとうございました。今後もPiggydbの開発、頑張って下さい。

既存の分類は手軽に済ませ、独自の発想を育てていく

P.S.
 Piggydbを使い始めてから、いろいろとつながりやタグの使い方について考えるようになりました。最近では、以下のような感じで使い分けるようになりました。
 基本的な方針は、Piggydbに限らず、タグ付けなどの情報の整理は細かくしだすとキリがないので、メリハリを付けていきたい、ということです。そこで、既存の分類の部分は手軽に済ませて、自分独自のカテゴリー、グループ分けが思いついた部分のみ、ピックアップしていこうという感じです。
 Piggydbは使っているとどんどん自分の思考が整理されていく気持ちよさがあるツールだと思います。その気持ちよさを少しでも伝えられたらと思い、私なりのPiggydbの使い方を紹介させて頂きました。何かの参考になれば幸いです。素晴らしいツールの開発、本当にどうもありがとうございました。

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嬉しいコメントをありがとうございます。使い方のノウハウもすごく参考になります。
  • 既存の分類や構造については深追いしない(「分類・整理」にこだわらない)
  • 自分の閃きにフォーカスしてそれを中心に知識を組み立てていく(ボトムアップ)
  • タグフラグメントを使いこなす
これはまさにPiggydb的な使い方だと思います。
eurekaタグは面白いですね。このような情報の重み付けはとても重要だと感じました。

うーん、そうですか。気になりますねぇ。
スマートレイアウト自体はJavaScriptで実現しているので、おそらくJavaは関係ないと思います。
スマートレイアウトを実現しているJavaScriptが何らかの原因で読み込まれていない可能性がありますね。可能性は低いですが、ひょっとしたらブラウザをリロードすれば解決するかもしれません(あるいはキャッシュを削除)。

スマートレイアウトと文字サイズ

 具体的なアドバイス、どうもありがとうございました。キャッシュ削除後に、Piggydbを再起動し、文字サイズを変更したところ、めでたくスマートフラグメントが実現されました!
 どうも微妙に自分のPiggydbとPiggydb.jpの文字サイズが食い違っていたみたいです。お手数、ご心配をおかけして申し訳ありませんでした。
 いやぁ、でもスマートレイアウト、とても良いです。シャッフル機能との相性も抜群ですね。また、創作意欲が湧いてきました。