camiです。
喜んでもらえてよかったです、書き込んだ甲斐がありました！
ご質問の件ですが、主な理由は二つあります。
一つ目ですが、片方向繋がりの場合、
という理由から、どうしても従属関係や時系列、因果関係などを意識しがちになります。
逆に、そういった関係がはっきりしない場合は双方向繋がりがイメージに合います。
情報収集の初期段階では、フラグメント同士の関係がはっきりしていません。
その結果、とりあえずは双方向繋がりで繋げておいて、あとから片方向にするパターンになりやすいです。
ニワトリと卵があったら、まずは双方向繋がりで、ニワトリが先だと決着が付いたら片方向に戻す感じですね。
もう一つは、双方向で作っておけば、画面を読み込み直すことなく直接繋がりを作れて便利だからです。
A→B→C
A→D→E
という状況で、CからEに繋がりを作ろうとすると、チェックボックスを使ったり、Aまで戻ってから繋がりを作る必要があります。
これが全部双方向なら、「+」ボタンで繋がりをたどっていくことで、画面を切り替えずに繋がりを作れます。
ちょっとした手間の問題なのですが、一つ目にあげた理由と合わせると、「とりあえず繋げるなら双方向のほうが便利」な場合が多いです。

1：1で繋がりを作る場合はいいのですが、チェックボックスを使ってまとめて繋がりをつくるときに、片方向強制だと、双方向にする手間がかかります。
もちろん人によって使い方は違うと思いますし、片方向が便利な場合もたくさんありますので、オプションでデフォルトを変えれればいいなと思ったわけです。

情報収集の初期段階での、双方向つながり作成について

camiさん、
いやあ、これは大変参考になります。どうも有難うございます。
実は、Piggydbが他の情報管理ツールと一線を画する部分があるとすれば、それは「情報の重み付け」にあると思っているのですね。最初はバラバラでフラットだった情報の集まりが、利用者の学習や価値観によって重み付けされ、ある種の知識の輪郭が姿を現すと。その終着点がタグフラグメントになると思っているわけですが。
その原則から考えると、全ての情報がフラットで、全ての情報が相互に関係しているような状況が（「みにくいあひるの子定理」）、全く重み付けされていない初期状態だと考えられるので、camiさんの例のように「とりあえずは双方向繋がりで繋げておいて、あとから片方向にするパターンになりやすい」となるのは、とても理に適っているなと思いました。
Piggydbの場合、元々、片方向のつながりを前提としていたために、双方向をオプショナルに扱っているということもあるのですが、つながりを作る操作上の問題もあるなと思いました。例えば、現状、つながりを作る方法は２パターンありますが、ドラッグ＆ドロップの場合でも、「つながりのあるフラグメントをつくる」フォームを使う場合でも、起点となるフラグメントを指定することになるので、片方向がデフォルトになるのは自然なのかなとも思えるのです。
つまり、camiさんの「情報収集の初期段階では、フラグメント同士の関係がはっきりしていません」のようなケースでは、つながりを作るのに、別のもっと適切な操作法が必要なのかもしれません。例えば、なんとなく関係しているなというフラグメントの集合を選択して、一括で双方向つながりを作成するとか。この場合、つながりを作る過程で主従を意識する必要がないので、より自然な操作になるのかなと思ったのですが、いかがでしょうか？

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camiです。
みにくいあひるの子定理、まさにこれですね。
自由度を増す意味でも「一括して双方向つながりを作成」に賛成です。

しかし、繋がりが便利になると、
  • 密接な繋がり
  • もしかしたら関係あるかも？程度の繋がり
この二つを見分ける手段が欲しくなりますね。
タグフラグメントを使えば、強い繋がりを表現できます。
ですが、タグフラグメントは「連想」というより「内包」というイメージが強いです。
また、タグフラグメントは時系列を表すのも難しいです。
そういった「連続性」を表すなら、やはり繋がりを使いたくなります。
方向別に、繋がりに対してパラメータを設定できれば便利かもしれません。
…が、それだとPiggydbのコンセプトを壊してしまわないか不安になります。
前に言った「漠然としたアイディア」というのはこの部分です。
Piggydbの長所を崩さず、片方向繋がりを主軸に置きつつも、繋がりに幅を持たせる方法はないか模索していたわけです。