質問なのですが、一台のＰＣで複数のPiggydbを使うことは可能ですか？
そして、それは難しかったり、バグやトラブルの種になりますか？
気軽に使い分けられるようでしたら、少し試してみたいことがあるのですが。

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「複数のPiggydb」というのは、複数のデータベースを管理するということですよね。
スタンドアロン・パッケージの場合、データベースの名前（#21）を変えて起動すれば複数のデータベースを管理できます。ただし、起動中のPiggydbが一度に扱えるのはあくまで一つのデータベースです。
複数のデータベースを同時に起動したい場合は、ご自身の環境にWebサーバーをインストールして、そこに複数のPiggydbをインストールする必要があります。詳しくは#14を参照して下さい。

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丁寧な解答、どうもありがとうございます。
その通りです、複数のデータベースを管理したかったのですが、流石にセーブ＆ロードというわけにはいかないようですね。
頑張れば設定できそうな感じですが、間違って設定して、本家のPiggydbに影響が出ても困るので
今回は見送っておきます。
どちらかというと、ローカルでサーバーを立てて動くWiki系のソフトなのに、
そのことを意識させないで簡単に使えるスタンドアロン・パッケージの入門性が非常に優れている という事の方が特別なんですよね。
手軽に使えるスタンドアロン・パッケージを提供して下さり、本当にどうもありがとうございます。

複数のPiggydbを同時に起動させる際の注意点 → ...

古いPiggydbから新しいPiggydbへ、データを手動でコピーさせたいと思いまして、
#14 PiggydbをWindowsサービスとしてインストールする
を参考にして複数のPiggydbを同時に起動させています。
#14とリンク先の記事の説明が丁寧だったので、なんとか無事に設置することができました。
丁寧な解説どうもありがとうございました。
ですが、いくつか疑問があるので質問させて下さい。
  1. tomcat6をインストールすると、tomcat6をStop serviceさせても、スタンドアロンのPiggydbは起動出来なくなりますか？
    1. 私はtomcat6のインストール前にデータをエクスポートしておいたので、助かりましたが……。
    2. もし、そうなのであれば、#14に注意喚起のメッセージを追加しておいた方がより親切だと思います。ご検討願えますでしょうか？
  2. 複数のPiggydbを同時に起動させるためには、例えば、以下のようにwarファイルの名前を変更したものを設置するだけで良いのですよね。
    1. piggydb-5.0-dev4-anonymous-personal.war
    2. piggydb-5.0-dev4-anonymous-public.war
    3. piggydb-5.0-dev4-anonymous-old.war
  3. 以上の作業の後、データベースのタイトルは、例えばpiggydb-5.0-dev4-anonymous-personalを手動入力して更新した方が良いのですよね？
  4. tomcat6の「Startup type」を「Automatic」に設定していますが、起動時のアイコンが赤い羽の状態です。何か問題はありますか？
    1. serviceはstartしているので大きな問題はないのですが、気になります。
    2. また、Stop service→Start serviceと再スタートさせると、緑の三角形のアイコンで表示されます。もちろん、serviceはstartしています。
  5. #295を参考に、piggydb.fragmentsView.defaultScale=700を設定していたのですが、war版ではどこで設定すればよろしいのでしょうか？
    1. 700に設定すると、個人的には、親フラグメントも見やすく、子フラグメントも展開しやすくなって、フラグメントリストビューをより快適に使えるようになると感じています。
以上５つの質問をさせて頂きましたが、分かる範囲で結構です。お答え頂ければ、幸いです。
どうぞよろしく御願い致します。