原因がわかりました。 フラグメントのテキスト中に半角文字の ］］＞ が入っていました（※CDATAセクション中に記述できない文字が入っていた）。 全角文字に置換したところデータベースが復元できるようになりました。 お騒がせしました。 （.pigファイルの正体ってZIPだったんですね）