Piggydb でも EBt でも、つながりが最も重要と思います。

ただ、例えば A→B→C→D→E→F というようなつながりがあり、A・C・E のグループと B・D・F というグループについて、先のつながりとは直交したコンセプトがあれば、A→C, A→E, C→E というようなつながりを個別に作っていくよりは、A・C・E について X、B・D・F について Y というようなタグを立てた方が作業が簡便で、かつ、それぞれのグループの意味付けをタグ名称で明確に意識できるところがいいと思います。グルーピングし直しのコストが低いところも魅力です。もちろん、例えば A→E に強い関連性があれば、それはつながりをつければいいのですが。

EBt ではタグに相当する機能はないので、上記の例であれば、まず A⇔B⇔C⇔D⇔E⇔F という関係（EBt は双方向つながりなので）で 5 つのメモを作って、X、Y というノード（タイトルだけの空メモ）を別に作り、X には A・C・E それぞれと、Y には B・D・F それぞれとのつながりを作ります。

Piggydb でも、主にドキュメントビューでの利用を想定して、タイトルだけのフラグメントを作り、それに対して複数のフラグメントを並べていく場合がありますよね。あれと同じでしょうか。ドキュメントビューで使わないならわざわざそうしなくてもタグをつけた方がスマートなような気がします。