Tomcatを利用している場合、webappsフォルダの下に古いバージョンのwarファイルと、そのwarファイルが展開されてできたフォルダ（piggydb.warの場合、piggydbというフォルダ）があると思いますが、その両方を削除してから、新しいwarファイルを配置します。warファイルを入れ替えるだけです。（minakajiさんのご指摘を受けて修正しました）。