お世話になっております。
やはり環境かデータ依存の現象でしたか。 現象を再現できるデータが作れるか試してみます。

原因がわかりました。 フラグメントのテキスト中に半角文字の ]]> が入っていました(※CDATAセクション中に記述できない文字が入っていた)。 全角文字に置換したところデータベースが復元できるようになりました。 お騒がせしました。 (.pigファイルの正体ってZIPだったんですね)

※CDATAセクション中に記述できない文字が入っていた
ああ、だとすればこれはバグですねぇ バグリストに入れておきたいと思います。
pigファイルの正体ってZIPだったんですね
はい、実はそうなんです。
ご報告有り難うございました。大変助かります。