どうもご報告ありがとうございますー
MacとWindow10でテストしてみたのですが、こちらでは再現しませんね。。。となると、特定の環境で起こる現象なのか、あるいはエクスポートしたファイルが既に壊れているのか。
もし簡単な例で再現出来るようでしたら、そのpigファイルを送って頂く事は可能でしょうか?

お世話になっております。
やはり環境かデータ依存の現象でしたか。 現象を再現できるデータが作れるか試してみます。

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原因がわかりました。 フラグメントのテキスト中に半角文字の ]]> が入っていました(※CDATAセクション中に記述できない文字が入っていた)。 全角文字に置換したところデータベースが復元できるようになりました。 お騒がせしました。 (.pigファイルの正体ってZIPだったんですね)