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はじめまして。
2年くらい愛用させていただいてますcamiと申します。
Evernoteをはじめ、さまざまなソフトも試してみましたが、Piggydbが私の情報整理の方向性とよく合っていて一番使いやすいです。
最近では、タグフラグメントのシステムで目から鱗が落ちました。
この調子でつながりフラグメントやカレンダーフラグメ（ｒｙ
誰も使っていないかも、という不安があるとのことですが、更新がないか日頃からチェックしています！
ネットではROM専というか、フィードバックしない人が全体の8割～9割を占めるともいいますし、私のように更新を楽しみにしている人は大勢いると思います。
これだけではなんですので、追加して欲しい機能を何点か。
Piggydbは連想で情報を引き出していけるのが強みです。
しかし、末端のフラグメントや単発のフラグメントを探すときには、検索に頼らざるを得ません（特に古い情報の場合）。
検索しなくてもタグやつながりだけで全部見通せるのが理想ですが、ボトムアップ式で情報を集めていくと、どうしても漏れや見逃しが発生します。
検索関連が強化されれば、連想の「元」になるフラグメントにアクセスしやすくなったり、末端のフラグメントも有効活用できるようになりそうです。
他にも要望やアイディアがいくつかありますが、漠然としているので、うまくまとまってから書き込みさせていただきたいと思います。
お忙しいとは思いますが、これからも更新期待しております。

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camiさん、嬉しすぎます（泣）
２年も使って頂いた上に、「誰も使っていないかも」に反応して頂けるなんて、やる気がみるみる回復しちゃうじゃないですか。気にしてないと思いつつ、本当は寂しかったんでしょうね（自分はROM専のくせに）、、、なんか目頭が熱い。
フィードバックの内容は早速検討リストに追加させて頂きました。どうも有難うございます。
ひとつ興味深いと思ったのが、「双方向繋がりをデフォルトに設定するオプション」というものなのですが、双方向繋がりを頻繁にお使いになられるんですね。これってどうしてなのか、可能な限りで良いですので、理由を教えて頂けるととても参考になります。

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camiです。
喜んでもらえてよかったです、書き込んだ甲斐がありました！
ご質問の件ですが、主な理由は二つあります。
一つ目ですが、片方向繋がりの場合、
という理由から、どうしても従属関係や時系列、因果関係などを意識しがちになります。
逆に、そういった関係がはっきりしない場合は双方向繋がりがイメージに合います。
情報収集の初期段階では、フラグメント同士の関係がはっきりしていません。
その結果、とりあえずは双方向繋がりで繋げておいて、あとから片方向にするパターンになりやすいです。
ニワトリと卵があったら、まずは双方向繋がりで、ニワトリが先だと決着が付いたら片方向に戻す感じですね。
もう一つは、双方向で作っておけば、画面を読み込み直すことなく直接繋がりを作れて便利だからです。
A→B→C
A→D→E
という状況で、CからEに繋がりを作ろうとすると、チェックボックスを使ったり、Aまで戻ってから繋がりを作る必要があります。
これが全部双方向なら、「+」ボタンで繋がりをたどっていくことで、画面を切り替えずに繋がりを作れます。
ちょっとした手間の問題なのですが、一つ目にあげた理由と合わせると、「とりあえず繋げるなら双方向のほうが便利」な場合が多いです。

1：1で繋がりを作る場合はいいのですが、チェックボックスを使ってまとめて繋がりをつくるときに、片方向強制だと、双方向にする手間がかかります。
もちろん人によって使い方は違うと思いますし、片方向が便利な場合もたくさんありますので、オプションでデフォルトを変えれればいいなと思ったわけです。