作者からの回答

tomcat6をインストールすると、tomcat6をStop serviceさせても、スタンドアロンのPiggydbは起動出来なくなりますか?
起動できるはずです。
複数のPiggydbを同時に起動させるためには、例えば、以下のようにwarファイルの名前を変更したものを設置するだけで良いのですよね。
はい、その通りです。元のファイル名を残す必要はなくて、拡張子がwarになっていればOKです。
以上の作業の後、データベースのタイトルは、例えばpiggydb-5.0-dev4-anonymous-personalを手動入力して更新した方が良いのですよね?
ごめんなさい。これはちょっと意味が分かりませんでした。
tomcat6の「Startup type」を「Automatic」に設定していますが、起動時のアイコンが赤い羽の状態です。何か問題はありますか?
tomcatの詳細については即答しかねますが、動作に問題がなければ気にする必要はないのかと思います。
war版ではどこで設定すればよろしいのでしょうか?
#16に説明があります。warを設置してtomcatを起動するとwarが解凍されますので、その中のファイルを編集します。編集したら再起動して下さい。

解答、どうもありがとうございます。
Q1
tomcat6をインストールすると、tomcat6をStop serviceさせても、スタンドアロンのPiggydbは起動出来なくなりますか?
A1
起動できるはずです。
回答を受けて、いろいろと試してみましたところ、私の環境では
なりました。
どうやら、原因はQ4でも不安定だった「Automatic」だったようです。私の環境と相性が悪かったみたいです。
今後は、「Manual」で使っていきたいと思います。
追記。
「Manual」でも、一度tomcat6を起動中に、http://localhost:8080/ へアクセスしてしまうと、「Stop service」してもスタンドアロンのPiggydbは起動できなくなるようです。
正確には、http://localhost:8080/ にアクセスしたら、必ずtomcat6のページが開かれてしまうという状態です。
この状態は、一度パソコンごと再起動させると直るようです。
再追記。
パソコンを再起動後に、「Stop service」して、スタンドアロンのPiggydbを起動しても、
http://localhost:8080/ にはtomcat6のページが表示される事がおきました。
再々追記
tomcat6を「Manual」に設定し、パソコンを再起動します。そうすると、tomcat6は「Stop service」の状態で起動します。
その状態で、スタンドアロンのPiggydbを起動すれば、何の問題も無いだろうと思いましたが……、何故か、起動できませんでした。
確かに、tomcat6をインストール後、何度かは、スタンドアロンのPiggydbを起動できていたのですが、また起動できなくなりました。
現状、スタンドアロンのPiggydbを使う予定は無いので、特に大きな問題はありません。
私のパソコン固有の環境問題という可能性が一番高いと思われますので、作者様の貴重な時間と労力をこの問題解決に割かれる必要は無いです。
私の意図としては、あくまで、今後スタンドアロンのPiggydbからtomcat6のPiggydbへ乗り換える他のユーザーさんに、
というアドバイスを送りたかっただけなので。

Q2
複数のPiggydbを同時に起動させるためには、例えば、以下のようにwarファイルの名前を変更したものを設置するだけで良いのですよね。
A2
はい、その通りです。元のファイル名を残す必要はなくて、拡張子がwarになっていればOKです。
了解しました。

Q3
以上の作業の後、データベースのタイトルは、例えばpiggydb-5.0-dev4-anonymous-personalを手動入力して更新した方が良いのですよね?
A3
ごめんなさい。これはちょっと意味が分かりませんでした。
詳しく説明しますと
という状態の事です。
ですので、私の場合は以下の手順を取っています。
(以下、自分のPiggydbの記事、「複数のデーターベースの作り方」より引用。
今回のデータベースの名前はPublicです)
  1. piggydb-standalone-5.0-dev4.zipを解凍
    1. すでに同名のフォルダが無いか必ず確認すること!
  2. piggydb-standalone-5.0-dev4_publicとフォルダを改名。
  3. ショートカットを作り、public504とリネームし、デスクトップへ送る。
  4. application.propertiesを編集する。
    1. piggydb.database.prefix=file:D:/_piggydb/public
    2. piggydb.database.name=publicdb
  5. public504を起動。
  6. システムシステム情報でデータベースのパスデータベースのタイトルを確認。
    1. タイトルが違っていたら、手動で入力して更新
    2. ログアウト→Piggydbを終了させる。
    3. データベースフォルダを確認。
    4. public504を起動→システム情報→タイトルの更新を確認。
  7. 新規のデータベースならば、ここで終了。
  8. データベースをインポートする場合は、更に以下に続く。
  9. システム→データベース復元
  10. データベースフォルダを確認。db名やファイルなどをチェックする。
  11. システムシステム情報でデータベースのパスデータベースのタイトルを確認。
    1. タイトルが違っていたら、手動で入力して更新
    2. ログアウト→Piggydbを終了させる。
    3. データベースフォルダを確認。
    4. public504を起動→システム情報→タイトルの更新を確認。
  12. データベースのインポート終了。
上記の手順の6.1や11.1の手順のことです。
今は、手慣れて、頭も整理されてきているので、さほどの混乱も無いのですが、以前は、
の因果関係が分からず、たくさんのデータベースを作ってしまった経験がありましたので、確認のため質問させて頂きました。
実際の所は
  1. application.propertiesを変更後、そのPiggydbを起動させると新規のデータベースが作成される。
  2. データベースをインポートすると、application.propertiesに記述されたデータベース名に上書きする形でデータベースが引き継がれる。
  3. システムシステム情報→データベースのタイトルはインポート元のタイトルのまま
    1. application.propertiesに記述されたタイトル名をコピーして、手動で貼り付けて、「更新」ボタンを押す。
  4. 以後は、実際のデータベースのタイトル、application.propertiesのタイトル、システム情報のタイトルが全て一致する。
という流れになると理解していますが、
このとき、2の段階で作業を止めて使い続けても不具合は無いのか? という意味で質問させて頂きました。

Q4
tomcat6の「Startup type」を「Automatic」に設定していますが、起動時のアイコンが赤い羽の状態です。何か問題はありますか?
A4
tomcatの詳細については即答しかねますが、動作に問題がなければ気にする必要はないのかと思います。
了解致しました。でも、少し気になるので、今後は「Manual」で使っていきたいと思います。

Q5
#295を参考に、piggydb.fragmentsView.defaultScale=700を設定していたのですが、war版ではどこで設定すればよろしいのでしょうか?
A5
#16に説明があります。warを設置してtomcatを起動するとwarが解凍されますので、その中のファイルを編集します。編集したら再起動して下さい。
と説明を読みましたが、上手く実行されませんでした。
の手順に従い、application.propertiesを編集しましたが、反映されませんでした。
(サーバーの再起動方法が分からないので、パソコンごと再起動して確認しました)
ちなみに、確認のため編集した
はきっちりと反映されました。
また、#23の手順で、
 -Dpiggydb.fragmentsView.defaultScale=700
の記述をJava Options:に追記し、パソコンごと再起動しましたが、やはり反映されませんでした。
については、よく分からないので試していません。
私の手違い、勘違いというのが一番可能性の高い原因だと思われますが、
何か作者様の視点で気付いたことがありましたら、アドバイスを頂けますと、大変嬉しいです。
それでは、どうぞよろしく御願い致します。

作者からの回答 → ...

tomcat6のページが開かれてしまう
というのは、単にブラウザのキャッシュが残っているか(リロードで解決)、Tomcatが起動したままになっているかのどちらかだと思いますよ。
システム情報の「データベースのタイトル」ですが、これはapplication.propertiesの設定とは無関係です。ユーザー自身がデータベースに分かりやすいタイトルを付ける為に用意された項目です。
piggydb.fragmentsView.defaultScaleの件ですが、反映されませんでしたか。これは現に正しく動作している環境があるので、不具合ということではないと思うのですが、この情報だけだとなんとも判断し難いですねぇ。