ファイルフラグメントというのはどちらかと言うとおまけ的な機能なので(ほとんどが画像の埋め込みに利用されていると想像)、ファイル管理に使うとなると、Webアプリであることが足かせになってくるのではと思います。画像のように、フラグメント上でプレビューできるファイルの種類が増えれば面白いことにはなりそうですが。
Q1 ローカルなファイルとはいえ、Piggydbがローカルなサーバを立てて動いている以上、ファイルはコピーではなく、アップロード&ダウンロードの形式を必ず取ると言うことでしょうか?
はい、そうなります。
Q2 音楽や動画のファイルフラグメントを保存しないで、アプリケーションから再生しようとする場合でも、実はこっそりTempフォルダにダウンロードされてから再生されているということでしょうか?
これは、ブラウザの仕様によりますが、大体はそうなると思います。
Q3 テキスト、画像、PDF以外のファイルの管理をPiggydb上で行う場合何か問題がありますか?
ご存知の通りアップロードしたファイルをコピーしているだけなので、それほど問題になるケースは思いつかないですね。ただし、あまりに大きいサイズのファイルを扱うのには向いていないです。
Piggydbのエクスポートファイルが、通常の無圧縮アーカイブであれば、問題ないと思うのですが。
いや、圧縮していると思います。

丁寧な回答、本当にどうもありがとうございます。
ファイルフラグメントというのはどちらかと言うとおまけ的な機能なので(ほとんどが画像の埋め込みに利用されていると想像)、ファイル管理に使うとなると、Webアプリであることが足かせになってくるのではと思います。
その通りですよね。でも、素晴らしいおまけ的な機能なんですよね。
もちろん、画像が埋め込めるだけで、充分ありがたい機能です
その他の使い方に関しては、この回答を参考に、あとは自己責任で応用していきたいと思います。
本当にどうもありがとう御座いました。