「選択中のフラグメント」ウィンドウにもつながりやタグをドロップできるので、距離の遠いフラグメント同士はそれで対応できるのではないかと思います。
この返信を読んでから、試して気付いたのですが、
「選択中のフラグメント」はリンクやタグジャンプなどで、ページを移動しても維持され続けるんですね!
今までは同一ページ内でしか機能しないと思っていたので、目から鱗です!
これに気付けただけでも怪我の功名というぐらい、つながりの使い勝手が一気に向上しそうです!!
いろいろとご迷惑をおかけして、申し訳ありません。
そして、素晴らしく有益な情報ありがとう御座いました!

その後、気になって「選択中のフラグメント」で全文検索をかけたところ
を読みのがしていたことに気付きました、いやあ、便利な機能が盛りだくさんじゃないですか!
特に
共通の親フラグメント作成
を作れることを見逃していたのは、痛恨の極みです!
そこで、もう一度マニュアルを頭から読み直してみましたが、
Piggydbでは、複数のフラグメントを選択して、それらのフラグメントに様々な処理を行うための仕組みが提供されています。ショッピングサイトのカートのような感覚で、色々なページを移動しながらフラグメントを選択して、後でまとめて処理することができます。
この一文を読み逃していた事に気付きました。
タギングやEBtに関する議論など、コラム系のフラグメントには何度も目を通していたのですが、
肝心要のマニュアルを読み流してしまっていたようです。やっぱり基本は大事ですね。

Firefox5.01+Piggydb → ...

現在、紆余曲折の末、Piggydbの相方にはFirefox5.01を愛用しています。
(相変わらず、D&Dでのつながり作成時にオレンジの枠線はでないのですが、
フラグメントショッピングカートを活用すれば、大きな問題はないですし。
また、何故かフラグメントショッピングカードにD&Dする際はローカルのFirefox5.01でもオレンジの枠線が表示されます)
Firefox5.01+アドオン+Piggydbの組み合わせは非常に強力ですね。例えば
とPiggydbを組み合わることで、私は長年の悩みから一つ解放されつつあります。
今まで、Firefoxでは「ScrapBook」、Chromeでは「名前を付けてページを保存」で対応してきましたが・・・。
  1. Mhtファイルフラグメント(+タグ)
  2. コピーしたテキストフラグメント(検索性の向上+Mhtの読み込み失敗に備えての保険)
  3. 抜粋した画像フラグメント
  4. 自分の意見をメモするフラグメント
(2以下は省略も可能ですし、その後の閲覧性、検索性を考えれば、素晴らしいコストパフォーマンスです)
など、様々に関連づけて保存することが出来るようになりました。
作者様のお薦めもFirefoxのようですし(#9 動作確認済みのブラウザ)、
しばらくはFirefox5.01とコンビを組ませていきたいと思います。
いろいろとお手数をおかけ致しました。
そして、的確なアドバイス、本当にどうもありがとう御座いました。