ご指摘の通り、現状ではタグを登録する際にすでに親子関係にあるタグがあれば、そちらと入れ替わる仕様になっています。理由としては親子関係にあるタグが重複している場合、結果的に最も下位にあるタグだけを付けているのと意味が変わらなくなり（下位は上位を兼ねる）、上位のタグが無駄になるからです。あるいは、頂いた例で言いますと、両方のタグがあると、「乗り物」という広い意味なのか、「車」という多少限定した意味なのかが曖昧になります。

「タグが設定されていることを失念するなどして、これは乗り物に関する記事だ、ということでタグ「乗り物」を設定すると、このフラグメントから「車」というタグ情報が消えてしまうのです。」というご指摘はよく理解できます。しかし逆に言いますと、明示的に、より広い範囲の「乗り物」という分類に変更したいと思った場合は、「車」タグを削除する必要が出てきます。と、ここまで書いて改めて考えてみると、実はこういうケースはほとんどないのかもしれませんねぇ。

よく分からない形で何の通知もなく入れ替わってしまっていることが問題なのか、入れ替えること自体が問題なのか。混乱を招いていることは間違いないので、検討して改善したいと思います。ご指摘有難うございます。